「自分は店内の席を使わず持ち帰るだけだから、深夜料金は関係ないはずだ」――そう思い込んでいる利用者が今なお後を絶ちません。しかし、ここには外食チェーンの料金体系における決定的な盲点が存在します。結論から言えば、吉野家の深夜料金はテイクアウト（持ち帰り）やドライブスルーの注文であっても等しく7%が加算されます。
ファミレス業界の一部では「持ち帰りには深夜料金を適用しない」という運用をとるチェーンも見受けられますが、牛丼業界の深夜オペレーションは異なります。深夜時間帯であっても、厨房内で調理を行い、専用容器に盛り付け、袋詰めして手渡す一連の人的オペレーションには等しく高額な深夜人件費が発生しているためです。そのため、店頭のテイクアウトカウンターでの注文はもちろん、事前にスマートフォン等から行うテイクアウト事前予約（モバイルオーダー）であっても、受取・決済が22時から翌5時の時間帯にかかる場合は深夜割増の対象となります。
ここで極めて複雑になるのが、「消費税率（8%・10%）」と「深夜割増（7%）」の多重計算構造です。テイクアウトには軽減税率（8%）が適用されるため、店内飲食（標準税率10%）よりも基本価格自体は安価に設定されています。しかし、そこに深夜割増7%が重なることで、最終的な支払い額が昼間の店内飲食価格とほぼ同等、あるいはそれを上回る逆転現象が生じるケースがあります。
店頭での混乱を防ぐためにも、「深夜22時以降に吉野家の暖簾をくぐる、あるいはテイクアウトの窓口を利用する以上、どのような形態であっても7%の手数料が上乗せされる」という前提を頭に入れておくことが賢明な防衛策となります。
