巨大コミュニティへと成長する過程で、いくつかのトラブルや炎上騒動を経験してきたのも事実です。「あにまん 炎上 真相」を追うと、主に「早バレ（発売前リーク情報）の書き込み」「作品ファン同士の対立煽り」「著作権侵害リスク」という3つの課題に行き当たります。
かつてはフラゲ情報やネタバレを巡る過激な書き込みが問題視された時期もありましたが、現在では管理体制が大幅に強化されています。具体的には、AIを活用したNGワードフィルタリングの導入や、荒らしユーザーに対するIP単位での即時アクセス規制（アク禁）、さらにネタバレ専用スレッド以外の隔離など、細かなルール策定が進められました。
特にあにまんch 著作権問題に関しては、出版業界全体の海賊版対策・無断転載規制の厳罰化に伴い、画像の直貼りに対するチェックが厳格化。公式の引用ガイドラインに則った運用へとシフトしており、無法地帯化を防ぐための自浄作用が常に試されています。
