結論から述べると、アクアリウムの基本原則においてメダカと金魚の混泳は「極めて難易度が高く、原則として推奨されない組み合わせ」に分類されます。多くのベテラン飼育者やプロショップが「一緒にしてはいけない」と口を揃える背景には、感情論ではなく、魚類の解剖学的・生理学的な決定要因が存在します。
最大のリスクは、金魚がメダカを食べる理由そのものにあります。金魚は胃を持たない無胃魚であり、消化管が短いため、満腹中枢の刺激が極めて鈍い生き物です。目の前で動く小さな物体に対して反射的に口を開けて吸い込む習性があり、そこに「仲間」という認識は一切介在しません。金魚の喉の奥には「咽頭歯（いんとうし）」と呼ばれる硬い歯があり、一度口に入った小魚は噛み砕かれて飲み込まれます。メダカの体長が2〜3cmであるのに対し、金魚の口の直径が1cmを超えた瞬間、メダカは「同居魚」から「生き餌」へと変わります。
さらに見逃せないのが、品種による攻撃性の違いです。特に縁日の金魚すくいで親しまれる和金とメダカの相性は、数ある組み合わせの中でも最悪と断言せざるを得ません。フナの原種に近いスマートな体型を持つ和金は、泳ぎが非常に俊敏で、成魚になると体長15〜20cm以上に巨大化します。この遊泳速度と圧倒的な体格差の前では、穏やかに水面を漂うメダカは逃げ場を失い、夜間の就寝時や物陰に追い詰められて確実に捕食の対象となります。
