近江舞子の最大の魅力は、その圧倒的な透明度だ。しかし、近年の平均気温上昇は琵琶湖の水温にも影響を与えている。水温が上がると藻類が異常繁殖しやすくなり、かつての「琵琶湖ブルー」が濁ってしまう懸念がある。専門家は、水質の維持には流入する河川の管理だけでなく、ビーチ周辺での人間の活動制限も視野に入れるべきだと指摘する。
生態系への配慮として、環境に優しい日焼け止めの使用を推奨するキャンペーンも始まった。ハワイやパラオといった海外のリゾート地ではすでに義務化されている動きだが、日本の湖沼でも同様の規制が必要とされる時代がすぐそこまで来ている。