羽田空港における国内線オペレーションにおいて、最も基本的かつ厳格に守られているのがターミナルの区分けです。JAL（日本航空）グループの国内線定期便は、すべて「羽田空港第1ターミナル」から出発・到着します。競合の全日本空輸（ANA）が主に第2ターミナルを使用しているため、タクシー乗車時や自家用車の運転時には「第1ターミナル」と明確に指定・認識する必要があります。
もし間違えて第2ターミナルに到着してしまった場合、ターミナル間を歩いて移動するには地下連絡通路（約400メートル・徒歩約5〜7分）を抜けるか、約4分間隔で運行されている羽田空港第1第2ターミナル無料連絡バスを利用しなければなりません。手荷物を抱えた状態でのフロア移動やバス待ちを含めると、最低でも15分から20分程度の予期せぬタイムロスが生じます。国内線の保安検査場通過締め切りは「出発時刻の20分前」と厳格に定められているため、このわずかなミスが搭乗不能に直結するリスクを孕んでいます。
電車アクセスにおいても注意が必要です。東京モノレールを利用する場合は「羽田空港第1ターミナル駅モノレール」改札、京急電鉄を利用する場合は「羽田空港第1第2ターミナル駅京急」で下車後、必ず「第1ターミナル口（進行方向前寄り・品川方面からの場合）」の改札階へと進む導線を確保してください。
