多くの家庭でありがちな失敗が、「牛肉とごぼうを最初から一緒に鍋に入れ、強火で煮詰めてしまう」ことです。牛肉の筋原線維タンパク質（主にミオシンとアクチン）は、60℃〜68℃を超えると急激に熱変性を起こし、筋繊維が縮んで内部の肉汁（水分）を外へ絞り出してしまう「分水作用」が発生します。水分が失われた肉は繊維質だけが残り、噛み切れないほど硬くパサついた質感へと変わってしまいます。
ここで重要な役割を果たすのが、具材の投入順序と火加減です。プロの料理人が実践する牛肉を柔らかく仕上げるコツの核心は、火の通りにくいごぼうを調味料で先に煮含め、十分に柔らかくなった段階で「牛肉を最後に時間差で加える」という点にあります。牛肉を加えてからは弱火〜中弱火に落とし、煮汁を肉に絡めるように短時間で火を通すことで、中心温度の上昇を緩やかに抑え、肉汁の流出を最小限に食い止められます。
さらに、素材選びも仕上がりを大きく左右します。しぐれ煮に適した牛こま切れ肉おすすめ部位としては、赤身と脂身のバランスが均一な「肩ロースの切り落とし」や適度な脂線が入った「牛バラのこま切れ肉」が挙げられます。赤身のみの部位（モモなど）は加熱によって硬化しやすい一方、適度な不飽和脂肪酸を含む脂身が介在することで、冷めた際にもパサつきを感じさせず、舌触りの滑らかさを保ち続けることが可能になります。
