都心の一等地に位置しながら、車でのアクセスを検討するファミリーが多いのも科学技術館の特徴です。しかし、直結する専用駐車場はなく、利用は一般財団法人国民公園協会が管理する「北の丸公園駐車場（第一・第二・第三）」に依存しています。
科学技術館の目の前に位置するのは「第三駐車場」（収容台数約67台）ですが、ここは土日祝の午前9時15分を過ぎると満車ランプが点灯します。少し離れた第一・第二駐車場（合計約300台収容）も、10時を回れば入庫待ちの車列が代官町通りまで伸びることが珍しくありません。
さらに警戒すべきは、隣接する「日本武道館」での大型コンサートや大学の入学式・卒業式、武道大会のスケジュールです。大規模イベントの開催日と重なった場合、北の丸公園内の全駐車場は早朝8時台に完全満車となり、周辺の一般コインパーキングも軒並み上限料金なしの高額設定へと跳ね上がります。武道館のイベントスケジュール確認は、科学技術館訪問時の必須タスクです。
もう一つの関門が「昼食難民化」です。館内地下1階には「パークレストラン」が営業していますが、座席数には限りがあり、11:30から13:30のピーク時には40〜60分待ちの行列が発生します。館内には持ち込みの弁当を食べられる無料休憩スペース（地下の多目的ホールや各階の指定ベンチ）が用意されていますが、席の取り合いによるトラブルも散見されます。
ランチ難民を回避するための現実解は以下の2点に集約されます。
- 11:00ジャストに昼食を開始する：館内レストランを利用する場合も、持参弁当を食べる場合も、一般的な昼のピークより30〜45分前倒しで行動する。
- 九段下・竹橋駅周辺への一時退避：科学技術館は当日中の「再入館」が可能です。一度外に出て、オフィス街ゆえに休日は比較的空いている竹橋駅直結のパレスサイドビル飲食店街などを利用する方が、結果として待機時間を大幅に短縮できます。
