旅の疲れを癒やす温泉地も魚沼の大きな魅力です。古くから湯治場として栄えた大湯温泉栃尾又温泉は、それぞれ異なる個性を持っています。
大湯温泉は清流・佐梨川沿いに広がる温泉街で、豊富な湯量とさらりとした弱アルカリ性単純温泉が特徴です。多くの宿で源泉かけ流しの湯が楽しめ、魚沼市日帰り温泉スポットとしても気軽に立ち寄れます。
一方、静寂に包まれた栃尾又温泉は、世界有数のラジウム含有量を誇る「ぬる湯」の名湯です。体温に近い36〜37度前後の温泉に1〜2時間じっくり浸かる「長湯治」スタイルが古くから受け継がれており、自律神経を整え深いリラックス効果をもたらします。
また、冬季（12月下旬〜3月）には豪雪地帯ならではの魚沼市観光冬雪景色が広がります。除雪体制が万全な幹線道路沿いからは、白銀に染まる山並みと湯煙が幻想的な対比を描き、冬ならではの情緒を満喫できます。
