大神神社が日本の神社建築において極めて特異とされる最大の理由は、境内奥に本殿が存在しない点にあります。一般的な神社では神体を納める本殿が中心に配置されますが、大神神社では拝殿の奥に位置する三輪山（標高467メートル）そのものを直接拝む古代の祭祀形態が現在も受け継がれています。
社伝および古代史料によれば、祭神である大物主大神（おおものぬしのおおかみ）が、自らの御魂を三輪山に鎮めるよう求めたことが創祀とされています。拝殿のさらに奥、禁足地との境目には重要文化財である「三ツ鳥居（三輪鳥居）」が構えられています。中央の鳥居の両脇に小規模な鳥居を組み合わせた独特の構造を持ち、神の世界と俗界を分かつ結界としての役割を果たしています。
三ツ鳥居は通常、一般の参拝者が直接目にする場所にはなく、拝殿越しに祈りを捧げるのが基本的な参拝作法です（※神職の案内による特別参拝時に拝観可能な期間があります）。拝殿向かって右手にそびえる「巳の神杉（みのかみすぎ）」は、大物主大神の化身とされる白蛇が棲む御神木として知られ、樹齢数百年の大杉の根元には白蛇の好物とされる卵や神酒が絶えず供えられています。
