私立中高一貫校を選ぶ上で見逃せないのが、初年度納入金や継続的な学費負担です。神奈川大学附属中学校の初年度にかかる総費用は、入学金（約25万円）、授業料、施設設備費、諸会費などを合わせて初年度合計で約110万円〜125万円前後となります。2年目以降は年間約80万〜90万円程度で推移します。
寄付金や学校債については任意拠出となっており、強制的な負担を求められることはありません。首都圏の私立共学校の平均水準と照らし合わせても標準的であり、手厚い教育指導体制や広大な施設環境を考慮すると、コストパフォーマンスの面で保護者からの納得感は非常に高い水準を維持しています。
