岡崎駅の構造は、東西を自由通路で結ぶ近代的な橋上駅舎です。初めて利用する方でも直感的に移動できるよう配慮されていますが、JRと愛知環状鉄道の改札・ホーム配置には独特のルールが存在します。岡崎駅構内図と乗り換え案内を頭に入れておくことで、朝夕のラッシュ時でも迷うことなく移動が可能です。
駅ホームは島式4面5線の構造を有しています。改札口を入ると正面から右手にJR東海道本線が発着する1〜4番線ホームへの階段・エスカレーターが並び、最東端に位置する0番線が愛知環状鉄道の専用ホームです。JR線と愛知環状鉄道の間には中間改札（のりかえ改札機）が設置されており、manacaやTOICA、Suicaなどの交通系ICカードを利用する場合は、この改札機へ確実にタッチしなければエリア精算の不整合が生じます。
岡崎駅時刻表最新の運行パターンを確認すると、JR線は朝の通勤時間帯に新快速・特別快速・快速が数分間隔で名古屋・大垣方面へ運行されています。日中時間帯でも毎時4本の快速系統と2本の普通列車が確保されており、待機ストレスは極めて小さめです。一方の愛知環状鉄道もラッシュ時には毎時4本程度が運行され、三河豊田駅や新豊田駅へ向かう通勤・通学客をスムーズに輸送しています。エレベーターや車椅子対応の多機能トイレも整備されており、バリアフリー動線も万全です。
