会議室や和室、料理室などをグループで専用利用する場合、事前に団体登録を済ませておく必要があります。登録条件は、主に港南区内や近隣に在住・在勤・在学するメンバーで構成された団体であることが基本です。窓口で所定の申込用紙に必要事項を記入し、登録手続きを完了させると予約専用番号が発行されます。
予約は「横浜市地区センター予約システム」を通じて行います。利用月の2カ月前の初旬（1日〜10日頃など施設規定期間）に抽選申込を行い、中旬に確定結果が発表されます。その後、空いている枠に関しては随時先着順での予約が可能です。
東永谷地区センターの利用料金は、営利目的でない地域活動であれば部屋の使用料自体は原則無料（または器具・光熱水費相当の低廉な負担）で提供されている点が大きなメリットです。最新の空き状況確認はスマートフォンから専用Web画面で24時間いつでも照会できるため、キャンセルが出た枠をすばやく押さえるのが予約を勝ち取るコツです。
