APUの初年度学費は、専門的な語学教育や充実した国際教育設備を反映し、年間約150万円台半ばと私立文系大学の平均相場と比較してやや高めに設定されています。さらに、1年次の寮費や生活費が加わるため、家計への負担を懸念する声も少なくありません。
こうした費用面を緩和するために整備されているのが、立命館アジア太平洋大学の学費免除制度および豊富な奨学金枠です。特に国際生向けには「授業料減免（30%、50%、65%、80%、100%）」の制度が広く知られていますが、国内生に対しても独自の給付型奨学金や成績優秀者への減免措置が用意されています。
また、国の「高等教育の修学支援新制度」の対象校でもあるため、条件を満たす世帯であれば大幅な学費支援を受けながら通学することが可能です。
