政教分離の基本を理解するうえで最初に押さえておきたいのが、「信教の自由」と「政教分離の原則」の違いです。両者は混同されがちですが、憲法上の位置づけは明確に分かれています。
信教の自由は、国民一人ひとりが「いかなる宗教を信じても、信じなくてもよい」という基本的人権そのものです。これに対して政教分離は、国家権力が特定の宗教を優遇したり弾圧したりすることを防ぎ、国民の信教の自由を確実に守るための「手段（制度的保障）」として機能しています。
しばしば「政教分離があるから宗教団体は政治活動をしてはならない」と誤解されますが、現行憲法上、規制の対象となるのはあくまで「国や地方自治体などの公権力」です。宗教を信仰する個人や団体が選挙運動を行ったり、政策提言をしたりする権利そのものは、憲法が保障する思想・良心の自由や結社の自由、参政権の一環として認められています。
