神保町駅で多くの来訪者が方向感覚を失う最大の理由は、地下1階から地下4階へと縦に連なる階層構造にあります。地上からは単一の交差点に見える神保町交差点の真下に、都営地下鉄と東京メトロの計3路線が複雑に潜り込んでいるためです。
神保町駅の構内図を階層別に整理すると、その立体的な難所が一目瞭然になります。
・地下1階（改札階・コンコース）：各線改札口と出入口（A1〜A9、専修大学方面出口など）
・地下2階（都営新宿線ホーム）：島式1面2線（新宿方面／本八幡方面）
・地下3階（都営三田線ホーム）：相対式2面2線（目黒・東急線方面／西高島平方面）
・地下4階（東京メトロ半蔵門線ホーム）：島式1面2線（渋谷・東急線方面／押上・東武線方面）
特に注意すべきは都営三田線のホーム構造です。三田線は上下線でホームが分かれており、新宿線や半蔵門線から三田線へ向かう際、降りる階段を間違えると「反対方向のホーム」に出てしまい、改札階や連絡通路を経由して再度移動する羽目になります。この三田線の非対称な構造こそが、構内図を見ても迷子を多発させる元凶です。
