地上の道路が封鎖される結果、最も直接的かつ広範な打撃を受けるのが路線バス網です。特に東京都交通局が運行する都営バス 運休 東京マラソンの規模は、年間で最大規模となります。
例年の実績および確定運行計画によると、都心部を発着・経由する30系統以上の路線において、始発から夕方にかけて「全区間運休」または「途中折り返し運行（区間運休）」が実施されます。具体的には、東京駅丸の内口・八重洲口を発着する都05-1系統（晴海埠頭方面）や東43系統（江北駅方面）、浅草・門前仲町を経由する門33系統や錦13系統などが大幅な制限対象となります。「普段バスで通っている病院や施設へ行けない」という事態が頻発するため、代替手段の確認が欠かせません。
一方で、東京マラソン 電車 運行状況については、JR山手線・中央線や東京メトロ各線、都営地下鉄各線ともに終日通常運行が維持されます。都心の地下を縦横に走る地下鉄網こそが、マラソン当日の唯一確実な移動インフラとなります。
ただし、電車移動にも現場特有の落とし穴が存在します。スタート地点の新宿駅・都庁前駅、コース沿道の浅草駅・銀座駅・日本橋駅、そしてフィニッシュの東京駅・二重橋前駅・大手町駅では、出入口の一部がランナー専用導線や救護エリアとして封鎖されます。地上への出口が制限されることで、改札口から地上に出るまでに20分以上を要する大混雑が発生するため、余裕を持った移動が求められます。
