初来訪者が最もつまずきやすいのが、駅直結ゆえに複雑な「横浜駅地下街からのアクセス経路」と「入館ルール」です。ポケモンセンターヨコハマの営業時間（2026年最新）は、施設母体であるマルイシティ横浜に準拠しており、全日10:30～20:30となっています。ただし、年末年始などの特別営業期間や棚卸し時には営業時間が前後に変動するため、直前の公式アナウンス確認が欠かせません。
移動の起点となるマルイシティ横浜のポケモンセンターへのアクセスにおいて、最もスムーズなルートは「JR・京急横浜駅の中央通路東口」からポルタ地下街を経由し、そのまま「スカイビル地下2階入口」へ抜ける地下連絡通路です。雨天時でも傘を差さずに徒歩約3〜5分で到達できる利便性を誇ります。
ただし注意点として、開店時間である午前10:30より前に到着した場合、地下2階のマルイシティ正面入口付近に「スカイビル開店前待機列」が形成されます。エレベーターやエスカレーターの稼働開始と同時に8階フロアを目指す人の波が生まれるため、足元に注意しつつスタッフの誘導指示に従うことが肝要です。
