多くの恩恵がある反面、購入前に把握しておくべき弱点も存在します。最も多く挙げられる不満が、5本指ソックス特有の履きにくさです。急いでいる朝に指が1本ずつスッと入らず、ストレスを感じるケースは珍しくありません。足の指が縮こまっている人ほど最初は手こずりますが、これは足指の可動域が狭まっているサインでもあり、数週間使い続けるうちにスムーズに履けるようになります。
次に注意したいのが、製品ごとの寿命と耐久性の差です。指の根元部分に縫い目が集中するため、歩行時の摩擦によって指の股や親指の先端に穴が開きやすい傾向があります。安価な製品をヘビーローテーションすると数ヶ月で薄くなってしまうことがあるため、補強糸が編み込まれた耐久性の高いモデルを選ぶ工夫が欠かせません。
また、洗濯時のストレスも地味なデメリットです。脱ぐときに指部分が裏返ってしまい、干す前や畳む際に指を1本ずつ表に戻す作業に手間取ります。人前で靴を脱ぐシチュエーション（座敷での会食や検診など）での見た目を気にする声も根強く残っていますが、近年は外見が普通の靴下に見える「シークレット5本指ソックス」なども登場し、選択肢は確実に広がっています。
