新大村駅の利用価値を飛躍的に高めているのが、駅東口および西口に整備された充実の駐車インフラです。長崎県内でも屈指の利便性を誇るパークアンドライド環境は、大村市内のみならず、諫早市北部や東彼杵方面からのマイカー通勤・出張需要を強力に吸引しています。
新大村駅の駐車場料金は、市営駐車場を中心に入庫後最初の30分〜1時間は無料、以降24時間ごとの最大料金が400円〜600円程度という極めて良心的な価格設定が維持されています。福岡や東京方面への数日間にわたる出張・旅行であっても、数千円単位で駐車コストを圧縮できる計算です。
しかし、駅利用において絶対に油断してはならないのがJR九州大村線との乗り換えにおける「時刻表のギャップ」です。
西九州新幹線「かもめ」は高架ホームから定時運行でスムーズに発着しますが、同一駅構内（地上部）にある大村線ホームへの乗り換えには、改札外コンコースを経由する標準3〜5分程度の歩行移動を要します。最大のリスクは物理的な距離ではなく、非電化ローカル線である大村線の運行頻度にあります。
JR九州の公式時刻表を精査すると、新幹線「かもめ」が1時間に1本（多客時2本）規則正しく発着するのに対し、大村線の普通列車・快速「シーサイドライナー」は時間帯によって運転間隔が40分以上開くケースが存在します。乗り継ぎダイヤが噛み合わない場合、新幹線を降りた後にホームで長い待機時間を強いられることになるため、ハウステンボスや佐世保方面へ向かう旅行者は、あらかじめ接続列車を事前確認しておくことが失敗を防ぐ鉄則です。
