赤酢のシャリはあらゆる寿司ネタに対して万能というわけではありません。その真価は、特定の個性を持つネタと合わさった時に爆発的なシナジーを発揮します。
特に相性が際立つ筆頭が、本マグロの脂（中トロ・大トロ）です。マグロの濃厚な脂分と鉄分は、淡白な白酢のシャリでは受け止めきれず、口の中で脂が浮いてしまうことがあります。しかし、赤酢の複雑な酸味とアミノ酸は脂を素早く乳化させ、舌の上で心地よい一体感へと変換します。赤身の醤油漬け（ヅケ）においても、醤油の香ばしさと赤酢の熟成香が同調し、旨味の相乗効果が起こります。
さらに、江戸前伝統の仕事が光るネタとの組み合わせも見逃せません。
- コハダ・サバなどの光もの：強めの塩と酢で締めた青魚の皮目にある酸味と、赤酢のまろやかなコクがぶつかり合わず調和する。
- 煮穴子・煮蛤などの煮仕事：甘辛い煮ツメ（タレ）に含まれる糖分や醤油の風味に対し、砂糖を使わない赤シャリが重層的な奥行きを与える。
- ウニ・イクラ：濃厚な磯の甘みとミネラル感を、赤酢の酸が引き締め、雑味を感じさせないクリアな後味に導く。
一方で、淡麗な白身魚（ヒラメやタイ）やアオリイカなど、繊細な甘みと食感を楽しむネタに対しては、赤酢の主張が勝ちすぎてしまう場合があります。そのため熟練の職人は、赤酢に少量の米酢をブレンドして酸味の輪郭を立てたり、ネタによって仕込みの塩分濃度をミリ単位で調整する高度な技術を駆使しています。
