東大阪大学敬愛高等学校を象徴するもう一つの柱が、特定クラブにおける全国トップクラスの実績です。とりわけ女子陸上競技部は、全国高等学校総合体育大会（インターハイ）や全国高校駅伝などにおいて多数の入賞・優勝経験を持ち、オリンピック選手や日本代表選手を輩出してきた伝統校として全国にその名を知られています。
陸上部以外にも、ダンス部や柔道部、バスケットボール部などの運動部、さらに吹奏楽部や調理系クラブなど多彩な部活動が活動を展開しています。全国優勝を目指して鍛錬を積むアスリート層と、放課後の時間を趣味や仲間づくりに充てる一般生徒層が同じ敷地内で共存しており、部活動に打ち込みたい生徒にとって充実した設備環境が用意されています。
学校側も強化指定クラブに対する専門指導者の招聘やトレーニング環境の整備に力を注いでおり、スポーツ推薦枠での入学者が学校全体の活気を牽引する好循環を生み出しています。
