札幌大谷高等学校の教育体制を語る上で欠かせないのが、明確な目的意識ごとに細分化された4つの学科・コース設計です。北海道大学をはじめとする難関国公立大学現役合格を目指す「普通科Sコース」、文武両道と多様な進路実現を掲げる「普通科Gコース」、そして高度な専門技術を養う「音楽科」「美術科」が機能的に配置されています。
道内大手模試（道コン等）の集計データによると、札幌大谷高校の偏差値はSコースが60〜62前後で推移しており、公立上位校（札幌月寒高校や札幌啓成高校理数科など）の併願先として定着しています。Gコースは偏差値50〜52程度で中堅層の確かな受け皿となっており、美術科は48〜50、音楽科は45〜48の実力水準です。芸術系学科は実技試験の配点比率が極めて高いため、学力偏差値の数字だけで合否が決まるわけではありません。
一方、中高一貫教育を担う札幌大谷中学校の受験難易度は、首都圏のような過密競争とは異なり、堅実な学力層が集まる構図を見せています。中高一貫の「特進コース」と「進学コース」が用意され、特進コースは適性検査型や標準4教科入試において確固たる対策が求められます。直近の入試データにおける札幌大谷中学校の入試倍率は、一般枠・自己推薦枠を合わせて1.1〜1.3倍前後で落ち着いているものの、特待生認定を狙う学力上位層の争いは年々激しさを増しています。
出口戦略である札幌大谷高校の進学実績に目を向けると、学校側の地道な進路指導が成果を結びつつあります。Sコースを中心に、北海道大学、小樽商科大学、北海道教育大学、室蘭工業大学といった地元国公立大学へ毎春20〜30名規模の合格者を輩出。私立大学分野では、早稲田大学、明治大学、立教大学、法政大学、関西学院大学、同志社大学といった道外難関大への合格実績も継続的に記録しています。加えて、仏教系（真宗大谷派）系列大学である大谷大学への優先進学ルートや、北海学園大学、北星学園大学などの道内主要私大に対する豊富な札幌大谷の指定校推薦枠を保持している点は、生徒にとって極めて手堅いセーフティネットとなっています。
