進学校としての実力を測る上で最大の指標となるのが、国公立大学への三国丘高校 進学実績です。同校は伝統的に京阪神（京都大学・大阪大学・神戸大学）および公立大学法人大阪（大阪公立大学）への圧倒的な進学者数を誇ります。
近年の合格実績において、三国丘高校 京大 合格者数は毎年20名前後〜30名弱で安定して推移しており、大阪大学には50名以上、神戸大学・大阪公立大学にも各40〜50名前後が合格しています。東京大学や国公立大医学部医学科への合格者もコンスタントに輩出しており、理系・文系を問わず最難関レベルへの対応力が証明されています。
進路指導関係者の分析によると、三国丘高校の特徴は「特定のエリート層だけでなく、学年全体の中間層が極めて厚い」点にあります。高校入学直後から行われる探究活動（SSH＝スーパーサイエンスハイスクール指定等）や難関大ガイダンスを通じて、早い段階から学問の本質的な面白さに触れるカリキュラムが整えられています。
