映画版を観た多くの人が「腐海は傷ついた自然が起こした自浄作用であり、人間が立ち入らなければ森が世界を元に戻してくれる」という理解を持っています。しかし、原作漫画版で明かされる設定は、その解釈を根底から覆します。
1. 腐海と蟲は「旧世界の人類」がバイオテクノロジーで作った人工物
腐海は自然発生したものではなく、「火の7日間」で地球を汚染し尽くした旧人類の科学者たちが、数千年かけて地球を無毒化するためにプログラムした人工生態系でした。王蟲をはじめとする蟲たちも、腐海を外敵から守り、森を維持・拡散するために生み出された生体管理マシンに過ぎなかったのです。
2. ナウシカたち現生人類も「汚染に適応するよう改造された種」だった
さらに過酷なのは、ナウシカたち現在の人類もまた、汚染された大気の中でしか生存できないように遺伝子を書き換えられた存在だったという点です。腐海が完全に毒を浄化し、澄み切った清浄な大気が戻ったとき、ナウシカたちの肺は清浄さに耐えられず血を吐いて死に至る構造になっています。
3. 旧人類の「墓所」に眠る選民思想
旧人類の知識層や支配者たちは、自分たちの卵と遺伝子情報をシュワの「墓所」と呼ばれる施設に冷凍保存していました。彼らの計画は、腐海が世界を完全に浄化し終わった後、目覚めて清浄な世界を支配し、平和で争いのない理想郷を築くというシナリオでした。現生人類は、その浄化期間をつなぐための「使い捨ての防人（さきもり）」に過ぎなかったのです。
