実践学園高校を象徴するもう一つの柱が、全国大会の舞台で幾度となくその名を轟かせる強豪部活動の存在です。特にバスケットボール部、卓球部、サッカー部の活躍は都内屈指の評価を受けています。
男子・女子ともに全国大会常連のバスケットボール部は、インターハイやウィンターカップ出場を果たす屈指の名門です。専任の指導陣のもと、緻密な戦術理解と徹底したフィジカルトレーニングを積み重ねており、数多くの実力派プレイヤーを大学・プロ界へ送り出してきました。体育館設備や専用練習環境も整備されており、競技に専念できる環境が整っています。
また、卓球部の実績は日本トップクラスと言っても過言ではありません。全国高校総体（インターハイ）や全日本選手権ジュニアの部において上位入賞や優勝争いを演じる選手を継続的に輩出しており、中学・高校の一貫した強化プログラムが高く評価されています。国内外のトッププロ選手を輩出した実績は、同校の育成能力の高さを如実に物語っています。
東京都内の激戦区でしのぎを削るサッカー部も、全国高校サッカー選手権大会の東京都予選や高円宮杯Tリーグ等で常に上位に食い込む実力派です。広大なグラウンド環境や連携施設を活用した組織力重視のサッカースタイルは定評があり、文武両道を掲げて一般進学を目指しながらトップチームで活躍する生徒も少なくありません。
