切符の買い直しや払い戻しに関する金銭的なトラブルも、台風時には多発する。基本的に、台風などの自然災害によって予定していた列車が運休となった場合、あるいは運転見合わせにより旅行をとりやめる場合は、手数料なしで全額払い戻し（無手数料払い戻し）が行われる。
ここで知っておくべき重要なルールがある。指定席特急券を所持している場合、列車が1本でも運休になれば、後続の自由席への乗車変更や、有効期間の延長が認められるケースが多い。また、ネット予約サービス（スマートEXやえきねっと等）を利用している場合、システム上で自動的に無手数料キャンセル処理が適用されることも増えた。無理に混雑するみどりの窓口に並ぶ必要はなく、乗車日から1年以内に最寄りの駅で払い戻し手続きを行えば問題ないという猶予措置も用意されている。
