組織の核心に迫る重要回を時系列順にピックアップします。これらを追うことで、全体のストーリーラインが劇的に理解しやすくなります。
1. ジェットコースター殺人事件（アニメ1話 / 原作1巻）
すべての始まり。新一がジンにAPTX4869を飲まされ、江戸川コナンが誕生する原点です。
2. 黒の組織との再会（アニメ176〜178話 / 原作24巻）
ピスコが登場し、ベルモットが初登場する重要エピソード。灰原が一時的に元の姿に戻る描写も見どころです。
3. 黒の組織と真っ向勝負 満月の夜の二元ミステリー（アニメ345話 / 原作42巻）
ベルモット編の集大成。ジョディ、赤井秀一、ベルモット、コナンの思惑が交錯する屈指の名エピソードです。
4. 赤と黒のクラッシュ（アニメ491〜504話 / 原作56〜58巻）
組織とFBIの全面戦争。キールの奪還作戦と赤井秀一の偽装死という、緻密極まるトリックが展開されます。
5. 漆黒の特急［ミステリートレイン］（アニメ701〜704話 / 原作78巻）
バーボンの正体判明と、灰原の暗殺を巡る攻防戦。怪盗キッドも巻き込んだ息詰まるサスペンスです。
