日本国内で「自分は東南アジア系の顔立ちに似ていると言われる」「沖縄の友人がタイ人に間違えられた」といった体験談が後を絶ちません。この現象の背景には、日本列島の形成史を解く鍵である縄文人と南方系ルーツの深い関わりが存在します。
東京大学や国立科学博物館などが進めてきた古代ゲノム解析の最新データによると、日本列島に最初に定住した縄文人は、東南アジアの古代先住集団（ホアビニアンなど）や沿海部を北上した南方系古モンゴロイドと共通の遺伝的基盤を持っていることが判明しています。
その後、弥生時代以降に大陸から渡来人（新モンゴロイド系）が流入し混血が進みましたが、地理的周縁部である沖縄や東北・南九州には、縄文人の遺伝的特徴が色濃く残されました。これこそが、沖縄と東南アジアの顔の共通点を生み出している科学的根拠です。
日本人と東南アジア人の違いを整理すると、本土日本人は渡来系平坦顔（あっさり顔・しょうゆ顔）と縄文系立体顔（濃い顔・ソース顔）の混合であるのに対し、東南アジア諸国は南方系ベースに各国独自の混交（華人系、インド系、ヨーロッパ系）が上書きされているという構造の違いに帰着します。
