騒動が収束へと向かう中、小保方晴子氏が再び世間にメッセージを投げかけたのが、2016年に刊行された著書『あの日』であった。手記の中で彼女は、研究現場における実験データ管理の至らなさや未熟さを認めつつも、捏造意図については否定。研究室内での実験手順や指導体制、内部における権力闘争の構図を彼女独自の視点から綴り、大きなベストセラーとなった。
理化学研究所での検証実験ではSTAP細胞の再現に成功せず、彼女は検証チームを去ると同時に研究員を辞職した。同書はメディアバッシングに対する彼女なりの抗弁であり、騒動の裏に存在した人間模様や組織の脆さを浮き彫りにした。しかし、科学的検証という客観的な枠組みにおいては、撤回された論文の評価が覆ることはなく、彼女の科学者としてのキャリアは実質的にここで終止符を打たれることとなった。
