事故の重大性を受け、司法の場では厳格な責任追及が行われました。警視庁は運行管理を統括していた社員や現場スタッフを業務上過失致死容疑で書類送検。その後の東京ドームシティ死亡事故の裁判判決において、東京地方裁判所は運行組織の管理責任を明確に認定しました。
裁判では、現場で安全バーの確認を怠ったアルバイト従業員の過失のみならず、十分な危険予知教育や指導を行わずに運行を任せていた運営会社側の安全統括責任者の過失が厳しく問われました。判決では「乗客の生命を預かるアトラクション運行において、安全確認をアルバイト個人の裁量や注意力に過度に依存させていた組織的管理の不備は極めて重い」と指摘。元統括責任者らに対して業務上過失致死罪による有罪判決（罰金刑など）が下されました。
並行して進められた民事手続きにおいては、運営母体である株式会社東京ドームが遺族に対して全面的に非を認め、多額の損害賠償金の支払いを含む民事上の和解が成立しました。企業トップが公の場で行った記者会見では、安全基準の不備と教育システムの破綻を陳謝。「二度と同様の事故を起こさないための抜本的な組織改革」を誓うこととなりましたが、失われた尊い命と遺族の深い苦痛が消えることはありませんでした。
