個人の全額自己負担を回避し、最も経済的に健康診断を受ける鍵となるのが、公的制度の正しい活用です。横浜市および各種保険者が提供する助成金を適切に利用することで、正規料金の半額以下、場合によっては無料で充実した検査を受けることが可能です。
国民健康保険に加入している40歳〜74歳の横浜市民には、毎年「横浜市特定健康診査受診券」が送付されます。この受診券を利用した場合、市内の指定協力医療機関において基本的な健診が無料（または一部わずかな自己負担）で受診可能です。
また、中小企業の従業員が多く加入する全国健康保険協会（協会けんぽ）の被保険者であれば、35歳以上を対象とした「生活習慣病予防健診」の補助が手厚く適用されます。通常であれば約2万円相当の検査内容（胃部X線検査、便潜血反応検査、血液生化学検査など）が、自己負担約5,000円〜7,000円程度で受診可能です。さらに、横浜市が実施するがん検診（肺がん、胃がん、大腸がん、乳がん、子宮頸がん）を同日オプションとして組み合わせれば、極めて低廉な自己負担額で総合的な精密検査を網羅できます。
