「クラスのみんなには内緒だよ」というフレーズの起源を調査していくと、インターネット初期からささやかれてきた「特定のギャルゲー・エロゲー発祥説」に突き当たります。90年代後半から2000年代初頭にかけて隆盛を極めた美少女アドベンチャーゲームにおいて、放課後の教室や下校途中にヒロインと主人公が「2人だけの秘密」を共有するシチュエーションは定番中の定番でした。
当時、テキストサイトや2ちゃんねる(現5ちゃんねる)の掲示板文化の中で、「ギャルゲーのヒロインが言いそうな典型的なセリフ」としてテンプレート化され、コピペ改変などを通じてネットスラングとして浸透していった背景があります。つまり、厳密に「この作品のこのキャラクターが元祖」と1点に特定できるものではなく、当時のオタクカルチャーが共有していた概念的記号が言語化されたものというのが真相に最も近い解釈です。