店舗の立地は、JR山手線・京浜東北線の御徒町駅「南口」から徒歩約1〜2分という抜群のアクセスを誇ります。秋葉原駅電気街口や中央改札口からも徒歩6〜7分程度で到達でき、JRの高架下沿い（秋葉原側へ続く高架下開発ストリート）を真っ直ぐ進むだけのため、迷う心配はほぼありません。東京メトロ銀座線の上野広小路駅や千代田線の湯島駅、都営大江戸線の上野御徒町駅からも徒歩圏内です。
店舗設備に関しては、初訪問時に知っておくべき幾つかの重要事項があります。まず電源・コンセント設備についてですが、店内のカウンター席や一部の大型テーブル席に電源コンセントが設置されており、フリーWi-Fiも完備されています。しかしながら、日中のピーク時間帯は満席かつ待機客が多数いるため、長時間のPC作業やリモートワーク用途には適していません。店舗オペレーションとしても混雑時は90分程度の利用制限が設けられるケースがあるため、作業カフェとしての利用は平日の開店直後など閑散時間帯に限定するのが賢明です。
また、予約方法に関する検索需要が多く見られますが、エッグベイビーカフェは原則として席の事前予約を受け付けていません。電話予約やグルメサイトからのWeb予約は不可となっており、全時間帯で当日直接店舗に並んだ順番での案内となります。
