物語が終盤に進むにつれて浮き彫りとなったのが、ワームと同種でありながら異なる系譜をたどったネイティブの存在です。両者は生物学的なルーツを同じくするものの、地球への到達時期と人間社会へのアプローチにおいて決定的な違いが存在していました。
ネイティブは、後から飛来する好戦的なワームの脅威を警告する形で人間上層部に接触し、自らを守るための防衛兵器として「マスクドライダーシステム」の開発を促しました。しかしその裏では、特殊なネックレスを用いて全人類をネイティブへと変貌させる計画を冷徹に進めていたのです。「共存を装う黒幕」ネイティブと「純粋な捕食者」ワームという三つ巴の構図が、物語のクライマックスを重厚なサスペンスへと昇華させました。