マリオを取り巻く人間関係や種族設定には、長年のシリーズ展開の中で幾度となく修正が加えられ、現在確立している「驚きの公式設定」がいくつも存在します。
筆頭に挙げられるのがキノピオの性別と本名に関する真相です。頭にキノコの笠をかぶり、マリオのサポート役として奔走するキノピオ（英語名：Toad）ですが、国内において「キノピオ」は個人の名前であると同時に、あの容姿をした「種族全体の総称」でもあります。さらに衝撃的なのは、その生物学的性別です。
ピンクのおさげ髪を持つ「キノピコ」が登場して以来、多くのユーザーは「キノピオが男の子で、キノピコが女の子」「2人はカップルか兄妹」と捉えてきました。しかし、任天堂のプロデューサーである小泉歓晃氏は公式動画メディアの質問に対し、『キノピオ族には性別という概念が存在しない』と明言しています。キノピオたちは植物的なキノコ族であり、生物学的な雌雄はなく、キノピオやキノピコという外見の差異は個々のファッションや個性に過ぎないというジェンダーレスな設定が、近年の公式見解として確立されています。
続いて、ヒロインであるピーチ姫の初期設定にも意外な変遷があります。『スーパーマリオブラザーズ』の取扱説明書によると、彼女は「クッパ大王の魔法を解くことができる唯一の存在」として描かれており、単なる捕らわれの姫君というよりは、強大な魔力を持つ聖なる王女というハイファンタジー色の濃い出自でした。また、初代ファミコンのドット数とカラーパレットの制限から、ゲーム画面上では白いドレスに赤茶色の髪という地味な配色であり、現在のようなピンクのドレスに煌びやかなブロンドヘアが確立されたのは、ハード性能が飛躍的に向上したスーパーファミコン以降のことです。
そして、最もファンの間で誤解されているのがワリオとワルイージの関係性です。マリオとルイージが正真正銘の双子の兄弟（『ヨッシーアイランド』で同じコウノトリによって運ばれた設定）であることから、「ワリオとワルイージも兄弟である」と信じているファンが後を絶ちません。
しかし、これは明確な誤りです。ワルイージのキャラクターデザインを手がけたキャメロットの開発陣や、長年彼らの声を演じたチャールズ・マーティネー氏の証言によると、「ワリオとワルイージに血縁関係は一切なく、単なる利害が一致した悪友・パートナー」です。ワリオにとってマリオは幼少期からのライバルであり、そのマリオに対抗するために連れてきたテニスのダブルス相手がワルイージでした。血の繋がりによって結ばれたマリオ兄弟に対し、ドライなビジネスライクと悪巧みの絆で結ばれたワリオコンビという対比構造こそが、公式相関図における真実の姿です。
