『サンデーモーニング』を語る上で避けて通れないのが、視聴者やネット空間から寄せられる「偏向報道」という厳しい批判と、度重なる発言の炎上劇です。
象徴的なのが、番組の柱である寺島実郎氏の発言です。寺島氏は日本の外交安全保障政策や対米追従姿勢、経済政策の停滞に対して極めて厳しい直言を繰り返してきました。その該博な知識と大局観は熱烈に支持される一方、政府寄りのスタンスを持つ視聴者からは「悲観論に偏りすぎている」「日本を卑下しすぎている」といった反発を招く要因にもなっています。
さらにネット上で大きな物議を醸したのが、ジャーナリスト・青木理氏の発言を巡る騒動です。他媒体での「自民党を支持する層」に関する発言が切り抜かれSNS上で激しいバッシングに発展した際、その余波はサンモニにも波及しました。青木氏の鋭い権力批判や調査報道の姿勢は番組のアイデンティティそのものである反面、強い言葉選びが反発を生み、番組全体の姿勢を疑問視する声に繋がってしまうというジレンマを常に抱えています。
このほか、自衛隊の防衛装備強化に対する反対論や、沖縄の米軍基地問題をめぐるコメントが「一方のイデオロギーに偏っている」としてSNS上でトレンド入りすることもしばしばです。番組側は「多様な言論空間を提供する」という姿勢を崩していませんが、世論の二極化が進む中で、発言の重みとバランス感覚はこれまで以上に厳しい監視下に置かれています。