東京農工大学の最大の特徴は、学部ごとにキャンパスが完全に独立し、専門研究に特化した設備が整っている点にあります。
農学部が拠点を置く府中キャンパスは、広大な農場や演習林、動物医療センターを併設し、武蔵野の緑豊かな自然の中で実地教育が展開されます。一方、工学部が集う小金井キャンパスは、最先端のクリーンルームやスーパーコンピュータ環境を備え、中央線沿線という都心アクセスと研究環境の両立を実現しています。
大学公表の卒業後進路データによると、工学部の大学院進学率は約75%〜80%、農学部でも約55%〜60%に達します。教員1人あたりの学生数が少なく、学部4年次から研究室で高度なプロジェクトに携われる環境が整っているため、多くの学生が自然な流れとして修士課程へ進学します。
また、経済支援策として授業料免除制度や給付型特待生制度も整備されており、意欲ある理系大学院生が研究に専念できるサポート体制が整っている点も、受験生や保護者から高く評価される理由です。