物語は、都内の公立小学校に勤務する規子のクラスに、転校生の花房賢人がやってくることから始まります。賢人は高い知能と規格外の好奇心を持ち、授業中に突然実験を始めたり、先生の指示とは全く異なる行動を取ったりして教室を混乱に陥れます。「前倣え」を重んじる日本の教育現場において、賢人の行動は「問題行動」「授業妨害」とみなされ、学校側や他の保護者から孤立していきます。
しかし、母・あおいは「この子の好奇心の芽を摘みたくない」と毅然とした態度を貫きます。当初はマニュアル通りの指導に固執していた規子も、賢人の純粋な知的好奇心と、彼が起こすトラブルの裏にある論理的な理由に気付き始めます。「なぜ疑問を持つことが悪なのか？」という賢人の素朴な問いは、規子自身の教員としての矜持と大人たちの硬直した価値観を揺さぶっていきます。
物語終盤、賢人の突出した行動はPTAを巻き込む大騒動へと発展し、学校側は賢人を「特別支援学校」へ転校させるよう保護者会で迫ります。同調圧力が渦巻く中、最終回で規子とあおいは賢人の学びの権利と可能性を守るため、全校生徒や保護者、教員たちの前で賢人が見せている世界の本質を語りかけます。
感動の結末において、賢人の問いかけが実は周囲の子どもたちの知的好奇心をも刺激し、クラスメイトたちにとってもかけがえのない刺激となっていたことが明らかになります。排除ではなく「個性の共存」を選択した学校で、賢人はそのまま公立小学校に残ることが認められ、規子もまた一人の教育者として大きく覚醒します。誰も悪者にせず、大人たちが自らの無知や固定観念を認めて歩み寄るエンディングは、涙なしには見られない屈指の名場面です。
