納豆を口にして胃痛や胃もたれを覚える根本的な原因は、納豆が持つ食物繊維の組成と構造的な堅牢さにあります。日本食品標準成分表によると、納豆1パック（約40〜50g）には約3.0〜3.5g前後の食物繊維が含まれていますが、その大半を占めているのが不溶性食物繊維です。
水に溶けずに水分を抱え込んで大きく膨らむ不溶性食物繊維は、腸の蠕動運動を活発にする一方で、胃の中では消化液による分解を強く拒みます。さらに、丸大豆をそのまま発酵させた一般的な粒納豆は、実を包む大豆の外皮が硬いセルロースで強固に守られており、胃の蠕動運動だけで細かくすり潰すには相当なエネルギーを要します。臨床データや消化器関連の研究資料によると、粒納豆の胃内滞留時間は約3〜4時間に達し、これは脂質の少ない白身魚やうどん（約1〜2時間）と比較して格段に長い数値です。
胃の中に未消化の食物が長時間とどまると、胃壁は消化を進めようとして胃酸を過剰に放出し続けます。その結果、胃粘膜が自らの酸によって攻撃され、食後のキリキリとした痛みや、ずっしりとした不快な膨満感へと直結する構造が生じるわけです。健康のためにと空腹時に納豆だけを急いでかき込むような食べ方は、胃酸の急激な分泌を煽り、胃粘膜にダイレクトなダメージを与えてしまう最大の落とし穴といえます。
