『P5R』を購入したプレイヤーが最も警戒すべきトラップが、追加シナリオである「3学期」への突入条件の取りこぼしです。本作は無印版のストーリーをそのままなぞるだけでは3学期へ移行せず、条件を満たさない場合は12月下旬の無印版エンディングを迎えてゲームが終了してしまいます。100時間近いプレイが無駄になりかねないため、以下の解放キーを確実に頭に入れて進行する必要があります。
3学期へ到達するための絶対条件は、秀尽学園に赴任してくるスクールカウンセラー、丸喜拓人（顧問官）のコープランクを11月17日までにランク9へ到達させることです。ランク9にさえ到達させておけば、翌11月18日のイベントで自動的にMAX（ランク10）へと移行します。丸喜のスケジュールは夏休み中などに一時停止する期間があるため、活動可能日には最優先で時間を割き、好感度が上がりやすい適切な選択肢（相手の話に共感を示す回答）を選び抜く姿勢が求められます。
さらに、物語の深みを最大限に味わい、真のエンディングと追加エピソードを完全回収するためには、以下の2名のコープ進行も強く推奨されます。
- 明智吾郎（正義）：11月17日までにランク8まで進行必須（ランク7・8では戦闘や夜のイベント発生あり。夜の選択肢も慎重に選ぶ必要あり）。
- 芳澤かすみ（信念）：12月22日までにランク5まで進行必須（1学期〜2学期の段階では上限がランク5でストップ。3学期突入後にランク6〜10が開放）。
「自由に行動できるから後回しでいいだろう」とタカをくくっていると、11月のカレンダー進行で取り返しがつかなくなります。セーブスロットはこまめに複数へ分散させ、11月上旬のセーブデータを必ず残しておくのがセオリーです。
