作品の初期イメージを著しく損ねたもう一つの重大要因が、発売直後の品質管理（QA）における混乱でした。「ダイパリメイク バグ修正の経緯」を振り返ると、発売初週の段階で「メニュー画面の多重展開による任意コード実行」「壁抜けによるマップ外侵入」「アイテムやポケモンの無限増殖」といった前代未聞の不具合が次々と発掘されました。SNSや動画共有サイトではバグ検証動画が爆発的な再生数を稼ぎ、RTA（リアルタイムアタック）走者が想定外のルートで短時間クリアを達成するなど、本来のゲーム体験とはかけ離れた形で話題が沸騰してしまいました。
こうした混乱に対し、株式会社ポケモンとILCAは異例のスピードでパッチ配信を実施しました。「ダイパリメイク アプデ最新情報」として特筆すべきは、発売から約2週間後のVer.1.1.2配信によって増殖バグや主要な壁抜けが迅速に塞がれたことです。その後もVer.1.2.0でのコロシアム機能の実装、そしてVer.1.3.0における幻のポケモン「ダークライ」や「シェイミ」のイベント開放に至るまで、断続的な修正と機能拡張が続けられました。
度重なるパッチ適用により、現在ではゲーム進行が阻害されるような不具合は一掃され、きわめて安定した動作環境が確立されています。発売当時のバグ騒動は、ゲームフリーク本体が『Pokémon LEGENDS アルセウス』の開発に注力していた時期の過密なスケジュールと、シリーズ本編開発のノウハウ共有の難しさが浮き彫りになった歴史的出来事として語り継がれています。
