防衛機構の全容を把握するには、自衛隊組織図 防衛省のコマンドライン（指揮系統）の確認が不可欠だ。頂点に立つのは内閣総理大臣（最高指揮監督権者）であり、その下で防衛大臣が隊務を統括する。防衛省本省には政策を補佐する「大臣官房」や「内部部局」が置かれ、実際の部隊運用については、陸・海・空を一元的に統制する「統合幕僚監部（統幕）」および陸上・海上・航空の各幕僚監部が直結している。2025年に創設された「統合作戦司令部」によって、陸海空を横断する作戦指揮のスピードは一段と引き上げられた。
この強固な組織構造を見る上で避けて通れないのが、自衛隊と軍隊の違いという本質的な問いである。法制面において、一般的な主権国家の軍隊は「ネガティブリスト方式（国際法で禁止されていない行為は原則として実行可能）」で行動する。しかし日本の自衛隊は、日本国憲法第9条および自衛隊法に基づく「ポジティブリスト方式（国内法で明確に許可・規定された権限のみ行使可能）」で縛られている。武器の使用基準や防衛出動の要件が事細かに法律で定められているのは、徹底したシビリアンコントロール（文民統制）を担保するためだ。
一方で、国際法（ジュネーブ条約等）上の観点に立てば、自衛隊は明白に「軍隊」として扱われ、自衛官は「交戦権者（合法的に戦闘行動を行い、捕虜となった際に人道待遇を受ける資格を持つ戦闘員）」とみなされる。ある元陸将は防衛専門誌の対談で「国内法上の制約と国際法上の責任の二重構造こそが、自衛官が他国の軍人以上に高度な法規遵守の倫理を求められる所以である」と語っている。このギャップを理解することこそ、自衛隊という特異な組織を正確に捉える核心となる。
