トレーディングカードゲーム市場における過熱が続くなか、ポケモンカードゲーム（ポケカ）の取り扱いについても厳格なオペレーションが敷かれています。
拡張パックや限定セットの新商品発売時には、トラブル防止および近隣店舗への配慮から、「ポケモンセンターオンラインでの事前抽選当選者のみへの販売」または「当日の特設待機列での整理券配布」が徹底されています。一般の店頭通常販売枠が設けられないケースも多いため、「発売日に行けば買える」という認識は禁物です。
サプライ商品（デッキシールド、プレイマット、デッキケース等）に関しては店頭販売が行われることも多いですが、人気絵柄は即日完売が通例です。購入に際してはレジにて本人確認書類の提示を求められる場合もあるため、ルールの順守が求められます。
