フィールドワークや日常生活の中で個体に遭遇した際、最も素早く、かつ確実に種を特定できるのが足の指の数による判別方法です。捕獲したり至近距離で凝視したりしなくても、前足のシルエットを確認するだけで判別できます。
イモリの前足の指は4本しかありません。これは両生類であるカエルやサンショウウオの基本骨格に共通する特徴です（後ろ足の指は5本あります）。これに対して、爬虫類であるヤモリとトカゲは前足・後ろ足ともに指が5本揃っています。「前足の指が4本ならイモリ、5本ならヤモリかトカゲ」という法則を覚えておくだけで、現場での識別ミスを大幅に減らせます。
顔つきに注目したまぶたの有無で見分ける方法も、有効な鑑別ポイントです。夜間に窓ガラスへ張り付いているヤモリをよく見ると、大きな瞳を持っていますが、まばたきを一切しません。ヤモリには上下に動く独立したまぶたが存在せず、眼球が透明なウロコ（スペクタクル）で覆われているためです。目の表面に付着した埃や汚れは、自らの長い舌を伸ばしてペロリと舐め取ることで清掃します。対照的に、トカゲやイモリには独立したまぶたが備わっており、人間と同じように目をパチパチと閉じることができます。
垂直なガラス面や壁面を登れるかどうかも重要なヒントです。ニホンヤモリの足裏には「指下板（しかばん）」と呼ばれる特殊なヒダがあり、そこに生え揃う数百万本単位の極小ナノ毛が壁面分子と引き合う「ファンデルワールス力」によって、ツルツルの窓ガラスでも難なく垂直に歩行できます。トカゲの指先には鋭い爪しかなく、摩擦のない平滑なガラス面を登ることはできません。イモリも水中での遊泳や湿った地面の移動に適した足構造のため、乾いた壁面を垂直に這い上がる芸当は不可能です。つまり、「民家のガラス窓や白い外壁に垂直に張り付いている」時点で、ヤモリである可能性が極めて高いと結論付けられます。
