JR札幌病院の大きな柱の一つが、併設された健康管理センターです。JRグループの職域健康管理で培われた知見を生かし、一般の企業健診から個人向けの総合人間ドックまで幅広く受け入れています。
胃カメラ(内視鏡)や胸部・腹部CT、超音波検査、頭部MRI/MRAなど最新鋭の検査機器を備え、半日コースから充実した精密検査コースまで多彩なメニューが展開されています。最大の強みは、健診で病変や異常値が発見された場合、院内の各専門診療科へシームレスに精密検査・治療へ移行できる病院直結型のフォローアップ体制です。健診結果をその場限りにせず、確実な治療介入につなげる安心感が高い評価を得ています。