最終回放送直後、ソーシャルメディアでは「#水星の魔女最終回」が世界トレンド1位を長時間独占し、数百万件規模の投稿が飛び交いました。ファンコミュニティや大手レビューサイトに寄せられたリアルな反響を検証すると、評価はいくつかの特徴的な潮流に分かれています。
圧倒的多数を占めたのは、ガンダムシリーズとしては極めて珍しい「主要人物がほぼ生存する救いのある大団円」に対する絶賛の声でした。特にスレッタとミオリネの関係性が揺るぎない絆として完結した点、そして初代『機動戦士ガンダム』をはじめとする過去作の悲劇的な結末とは対照的な「命を繋ぐ選択」が高く評価されています。
一方で、熱心なSF考察層や古くからのガンダムファンの一部からは、「2クール（全24話）という尺の制限上、終盤の展開がやや駆け足だった」「宇宙議会連合の政治的思惑や、地球と宇宙の構造的対立が一挙に収束した点に説明不足が残る」といった意見も散見されました。しかし、これらは本作が「政治劇のリアリズム」以上に「若者たちの自立と関係性の再構築」へ焦点を絞り込んだ演出意図の表れであり、エンターテインメントとしての完成度を損なうものではないとの見方が大勢を占めています。
