海軍における手配書の発行と懸賞金の査定は、極めて官僚的かつ組織的なプロセスを経て行われています。その中心人物として描かれるのが、海軍本部少将（元准将）のブランニューです。彼は海軍幹部が集う大会議の場で、海賊たちの脅威度、民間への被害、政府に対する敵対行動をプレゼンテーションし、額面を決定づけるキーマンです。
手配書作成の現場フローは以下の通りです：
1. 現場での証拠写真撮影：海軍の写真部（通称「炎のアタッチ」など）が戦場に潜入して激写する。
2. 海軍本部による脅威度査定：ブランニューらによる罪状・強さ・組織力の数値化。
3. 世界政府・五老星の政治的介入：政府にとって不都合な事実（Dの名、空白の100年に関わる事象など）の検閲。
4. 世界経済新聞社（世経）を通じた印刷・世界散布：モルガンズのネットワークにより、ニュース・クーが世界中の隅々まで手配書を投下する。
しかし、最終章においては「海軍が海賊に懸賞金をかける」という長年の常識が覆されました。クロスギルドの設立により、「民間や裏社会が海軍将校に懸賞金をかける」という逆転現象が発生しています。コビー大佐に5星（約5億ベリー）、Tボーン中将への手配など、これまで治安の維持者であった海兵たちが民衆に狙われる構図が生まれ、手配書システムそのものが世界崩壊の引き金となっています。
