東海道・山陽・九州・西九州新幹線（東京〜新大阪〜博多〜鹿児島中央・長崎）を利用する際、最も注意しなければならないのが東海道新幹線 持ち込み予約の制度です。安全性の向上と車内混雑の緩和を目的に運用されており、該当するキャリーケースを持ち込む際には専用座席の予約が欠かせません。
3辺合計が160cm超〜250cm以内の特大荷物を予約なしで車内に持ち込んだ場合、新幹線 キャリーケース 手数料として1,000円（税込）が車内で請求されます。この手数料は座席の指定料金ではなく、あくまで規約違反に伴うペナルティ的な手数料であり、荷物は車掌が指定するデッキ等の保管スペースへ移動させる必要があります。
さらに見落としがちなのが自由席 持ち込み制限の存在です。自由席車両には特大荷物を置く専用スペースが一切設定されていません。そのため、160cmを超えるキャリーケースを所持している場合は、自由席特急券での乗車自体が不可となり、事前に指定席の特大荷物対象席を確保しなければなりません。繁忙期に自由席へ駆け込んでも、サイズオーバーで乗車変更を余儀なくされるケースがあるため細心の注意が求められます。
