地下2階から地上9階まで、全11フロアにわたる構成は圧巻のひと言です。各階のコンセプトが明確に分かれているため、事前にフロア構成を頭に入れておくと無駄な移動を省けます。
【地下2階：アニメイトシアター】
最新の音響・照明設備を備えた多目的ホール。キャパシティは着席時で最大208席を誇り、舞台、朗読劇、声優トークショー、上映会などが連日開催されています。演者との距離が非常に近い臨場感あふれる設計がファンから高い評価を集めています。
【1階：キャラクターグッズ・Gratte（グラッテ）・エントランス】
話題の新作グッズやトレンドアイテムが並ぶメインフロア。ドリンクの上にキャラクターをプリントする「グラッテ」やアイシングクッキーを販売するカフェスペースが併設されています。
【2階・3階：マンガ・コミック・書籍】
少年・青年・少女マンガからライトノベル、画集、同人誌まで日本屈指の蔵書数を誇ります。フロア全体に広がる書架は見応え十分で、池袋本店限定の購入特典ペーパーや複製原画展示も見逃せません。
【4階・5階：キャラクターグッズ・カプセルトイ】
人気作品のアクリルスタンド、缶バッジ、ぬいぐるみ、アパレルなどが所狭しと並びます。5階には大量のカプセルトイ自販機がずらりと並び、壮観な光景が広がっています。
【6階：CD・DVD・Blu-ray・ゲーム・声優関連】
アニメ主題歌、サウンドトラック、ドラマCD、映像ソフトが集結。試聴コーナーや大型ディスプレイによるプロモーション映像が展開されています。
【7階：アニメイトホール BLACK / WHITE】
サイン会やトークイベント、ミニライブが行われるイベントホールです。
【8階：Space Galleria】
アニメ、マンガ、ゲーム、小説、演劇などの展示イベントを行う本格的なギャラリースペース。入場チケット制の大型原画展や世界観没入型のエキシビションが定期的に入れ替わりで開催されます。
【9階：アニメイトホール / オンリーショップ】
期間限定で特定作品の世界観を凝縮した「オンリーショップ」を展開。限定商品の販売やフォトスポットの設置が行われ、ファンの熱気が最も高まるフロアのひとつです。
