アノニマスの攻撃は、日本国内のインフラや行政機関にも直接的な被害をもたらしてきました。日本が本格的な標的となった代表例が、2012年の著作権法改正（違法ダウンロード刑罰化）に対する抗議行動です。
この際、財務省、最高裁判所、日本音楽著作権協会（JASRAC）などの公式サイトが相次いでダウン。さらに「国土交通省の霞ヶ浦河川事務所」が、アノニマスによって「霞が関」と誤認されてサイバー攻撃を受けるという、情報精査の甘さによる巻き添え被害も発生しました。
また、和歌山県太地町のイルカ追い込み漁に抗議する「オペレーション・キリングベイ（OpKillingBay）」や、捕鯨に反対する「オペレーション・ジャパン（OpJapan）」では、町役場のみならず、国内の水族館、空港運営会社、地方自治体などのサーバーが長期間にわたってDDoS攻撃の標的となりました。自らの主義主張に反する対象であれば、民間企業や公共インフラであっても容赦なく機能停止に追い込む姿勢は、日本国内でも強い非難を浴びました。
